Biblioteker skrevet i Nextflow

rnaseq

RNA-sekventeringsanalysepipeline ved hjælp af STAR, RSEM, HISAT2 eller laks med gen-/isoformtællinger og omfattende kvalitetskontrol.
  • 646
  • MIT

patterns

En kurateret samling af Nextflow-implementeringsmønstre (af nextflow-io).
  • 281
  • MIT

sarek

Analysepipeline til at detektere germline eller somatiske varianter (forbehandling, variantkald og annotering) fra WGS / målrettet sekventering.
  • 256
  • MIT

chipseq

ChIP-seq peak-calling, QC og differentialanalyse pipeline..
  • 149
  • MIT

atacseq

ATAC-seq peak-calling og QC analyse pipeline.
  • 142
  • MIT

mag

Samling og binning af metagenomer.
  • 134
  • MIT

eager

En fuldt reproducerbar og state-of-the-art gammel DNA-analyse pipeline.
  • 96
  • MIT

configs

Konfigurationsfiler, der bruges til at definere parametre, der er specifikke for computermiljøer på forskellige institutioner (af nf-core).
  • 71
  • MIT

rnaseq-nf

Et bevis på konceptet for RNAseq pipeline.
  • 53
  • Mozilla Public License 2.0

rare-disease-wf

(WIP) arbejdsgang for bedste praksis for sjældne sygdomme.
  • 51
  • MIT

hlatyping

Præcis HLA-typning fra næste generations sekvensdata.
  • 45
  • MIT

rnatoy

En proof of concept RNA-Seq pipeline med Nextflow.
  • 28

GATK

Germline-variant kalder Nextflow Pipeline baseret på GATK4 bedste praksis.
  • 11